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Descripción
La reserva se incorporó al sistema Nacional de Áreas Protegidas el 16 de enero de 1996. El objetivo de la resolución es proteger el manglar por constituir un importante sistema ecológico abierto que interactúa con el mar, la tierra, la atmósfera y las aguas epicontinentales, es el punto de unión entre los ambientes marinos y terrestres, donde existe una gran diversidad de especies de flora y fauna asociadas.
Se localiza al noroeste del país, provincia de Esmeraldas, en los cantones San Lorenzo y Eloy Alfaro, con una superficie de 51.300 hectáreas.

El bosque Húmedo Tropical
Se extiende como una franja longitudinal desde el río Mataje al norte, hasta la localidad de la Perrita al sur. Las asociaciones hídricas, corresponden a los manglares, que presentan suelos permanentemente inundados.

Los bosques Seco Tropical y Húmedo Tropical (bsT-bhT), integran una zona de transición entre del bosque seco y el bosque  húmedo.
Ocupa la isla Canchimalero, una gran parte de la sub-cuenca del estero Mangonera, una pequeña porción de la Isla Pampanal, gran parte de la cuenca de los esteros Molinita Majagual y la totalidad de la Laguna de la ciudad.

En las zonas de manglar predominan los suelos pantanosos, saturados de humedad, arcillo limosos, arena y materia orgánica  en descomposición.

La reserva se encuentra en una zona relativamente plana con elevaciones que van desde 0 a 35 metros sobre el nivel del mar
¿Cómo llegar?: Desde Ibarra por la vía que va hacia San Lorenzo, o desde Esmeraldas por la nueva carretera hacia Borbón.

Clima
La temperatura media anual es de 25.5° c, pero existen épocas en las que estos valores aumentan o disminuyen de acuerdo con los niveles de precipitación que se presentan en la zona. Las lluvias se reparten uniformemente a lo largo de todo el año, pero se nota una ligera disminución entre julio y noviembre. El total anual de pluviosidad es de 2.000 mm. Al oeste del área y aumenta hacia el este, en donde las precipitaciones son cercanas a los 4.000 mm. La humedad relativa es del 88 %.

Hidrografía
El río Cayapas tiene su origen fuera de la reserva y recorre un tramo de 344 Km. por el suroeste de la reserva, que representa el 4.5% del área total de la cuenca, hasta desembocar en el océano Pacífico, es el recurso hidrográfico más importante y drena una superficie aproximada de siete mil kilómetros cuadrados. 
Está formado por tres grandes afluentes que son el Santiago, Onzole y San Miguel, en su desembocadura, que es parte de la reserva, recibe el aporte de los ríos Najurungo, Los Atajos y Zaspi.

Otra cuenca hidrográfica integra el río Mataje, en el extremo norte de la Reserva y del país, es binacional, porque sus aguas bañan el sur colombiano y el norte ecuatoriano y a la provincia de Esmeraldas, drenando una superficie  de 418 kilómetros cuadrados. Otros ríos de poco recorrido nacen en sitios no muy alejados de la playa, de altitudes menores a  los 70 metros sobre el nivel del mar, estos son: Molina, san Antonio, Nadadero, Chico, Biguaral, Tambillo y Najurungo.

Además, la Reserva está rodeada por un sinnúmero de esteros y canales que constituyen subsistemas naturales importantes en la zona, entre los más importantes están El Viento, Panadero, Casa de Pargo, Caraño, El Rey, los canales de la Caída y de Bolívar.

Peces
Se registran 68 especies, distribuidas en 39 familias y 53 géneros. Los más conocidos son róbalo, pargo, sierra, pelada, lisas, gualajo, corvina, bagre canchimal, bagre, pámpano, mero, sabaleta, colorado, machetejo, jurel.

Reptiles
Se identificaron 22 especies distribuidas en 14 familias y 20 géneros. Las más comunes son las boas, lagartos, caimanes, tortugas e iguana verdes.

Mamíferos
Se registraron 53 especies distribuidas en 20 familias y 43 géneros. Los hábitat de masto fauna han sido alterados y, consecuentemente, se ha producido una reducción total de especies que en condiciones naturales, son numéricamente dominantes. Debido a ello, los niveles normales de biodiversidad también se reducen y el número de especies existente está en relación a la proporción de hábitat óptimo disponible para que se mantengan especies como las zorras de agua, los tigrillos el murciélago pescador, la nutria o lobo de agua, el perico ligero y el oso hormiguero.

Aves
Se registraron 173 especies de aves, distribuidas en 45 familias y 144 géneros. La disponibilidad de alimento, concentra gran número de especies que se alimentan de fauna menor asociada a los manglares y humedales. La reserva es una de las pocas áreas del Ecuador continental que proporciona hábitat y alimento a estas aves. Garzas blancas, negras y pico de espátula, pelícanos, gavilanes, pájaros carpinteros, pato cuervo y perdiz.

Especies endémicas
Estudios realizados en 1989, advierten que la riqueza biológica y forestal de la región noroeste de la provincia de Esmeraldas cubre más del 60% de la superficie provincial, con un alto grado de endemismo a nivel de especies (20% de la flora occidental), lo que quiere decir que 1.260 son probablemente endémicas en la región. Un ejemplo puntual sobre diversidad y endemismo es el de las orquídeas, pues se indica que 501 especies son de la región occidental que se reproducen en áreas inferiores a los 900 metros sobre el nivel del mar.

Ecosistemas
Entre los más sobresalientes está:

El bosque de manglar
Importante ecosistema que ofrece un paisaje espectacular, diferente a otros de las zonas boscosas, especialmente cuando se ingresa a él por los pequeños esteros.
Con árboles de 25 metros y raíces zancudas, presenta un aspecto singular y único, difícil de describir pero que, en la mayoría de los visitantes, impacta positivamente por la belleza de su forma.

Esta formación se localiza en el área de influencia directa de las mareas. Constituye también un hábitat temporal o permanente para una gran cantidad de animales terrestres y marinos (reptiles, aves acuáticas y terrestres migratorias y permanentes, mamíferos, peces, moluscos, crustáceos).

El bosque húmedo tropical
Tiene una superficie de 6.117 hectáreas, proporciona riquezas de fauna y flora, en muchos de los casos, únicos en nuestro país. Esta formación vegetal llega hasta los 300 metros sobre el nivel del mar y el dosel es abierto y relativamente bajo, con árboles de hasta 25 metros de altura pertenecientes a 187 especies, distribuidas en 62 familias y 127 géneros.

Atractivos cerca de la Reserva:

Estero el Viento
Se puede observar el mangle que se encuentra bien conservado en los cuales encontrará árboles de gran tamaño.

El Salto del Tigre o La Cascada
Ubicada en el sector de San Antonio. Es un salto de agua dulce, muy pintoresco donde muere el estero.

La Población de Pampa Real
Conocida también como Ancón es un atractivo por su organización comunitaria. Además de bellísimos paisajes de la Costa. Son famosos por su artesanía y exquisita comida costeña.

Monte del Calvario
Para cualquier citadino empieza en la población de Lita, situada a medio camino entre Quito y San Lorenzo. Desde ahí, tras casi cuatro horas de una dura cuesta por la selva del Chocó se llega a la comunidad Awa de Baboso